一、進口貨物的報關手續
貨物不論以何種運載工具運抵日本港口或航空港，一般均卸存於海關指定的保稅區或貨棚，等候海關辦理查驗、納稅、放行手續。海關對貨物儲存的期限進行限制，超過期限不在存放的外國貨物海關將科以監管金。進口貨物一般由註冊的報關行代表進口商向海關申報。
報關時進口商除交申報單外，必須提交下列單證：
1、進口報單除了具有進口配額的商品應提交進口許可證外，其他商品只要提交進口報單。進口報單上必須填明貨物的嘜頭、裝貨單號碼、品名、數量價值；貨物的原產地、購買地、起運地載運貨物和船隻或飛機的名稱、登記標誌及國籍。除此，進口商必須聲明 A、進出口雙方有無某種特別關係例如總號與分號總公司與子公司、國外供貨號與訂立獨家經營合同的商號等關係；B 進口商除發票原列的金額外是否必須向出口方付給酬謝費；C，進口商是否需向駐日本的出口商代理人支付其他費用；D 進口商是否有義務進行推銷；E 發票所列的價格是否給予折扣；F 對進口的貨物，除按發票價格付款外，是否須另付款項或使進口商增加其他負擔。
2、商業發票海關沒有規定特別的形式，但至少需帶有發貨人簽字。商業發票供海關估價之用，必須列明：A 嘜頭號碼名稱貨名全稱、布魯塞爾稅則目錄號列數量：B 商品的總價和單價；C 明細費用，包括運費、保險費和裝運雜費；D 毛、淨重；E 填寫發票的地點和日期；F 目的地和受貨人；G 關於決定貨價的合同條件。
3、裝箱單
4、產地證明書產地證明書一般由當地商會或日本領事館、外交官在商品的生產地、或裝船的地方予以認證。
5、提單三份已簽字的正本提單如係空運則為代運單，通常經由銀行轉交，另外寄兩份未簽字的副本直接交給受貨人。實際需要的項目通常在受貨人的信用證中有詳細說明。
6、其他海關估價徵稅證明
進口商如因某種原因不能呈交發票或因發票上所交資料不足，不能用以估定貨價，海關可調取載有詳細運費保險費包裝費及貨價表的書面合同及其他證件。進口貨物如係動植物，則必須符合農林省動植物進口檢疫規則，附有檢驗證書。進口商或其代理人在向海關辦理進口報關的同時，應附交進口稅報單3份。第批貨物應繳納的稅款由進口商或其代理人自行計算並填具在進口稅報單上，進口商應掌握有關貨物完整詳細的資料若有疑問要可向海關諮詢，經解答後填報。
二、進口配額和進口管理
凡通產省所規定的非自由化商品項目的進口商品者要依照進口配額制度進口。這是一種較嚴格的配額要求，進口商先向通產省申請配額，一經獲准即可取得進口配額證。憑此證件進口商有權向特許銀行提出申請時，即可自動地取得進出口許可證。事實上一切進口配額證都在全球配額基礎上簽發的，從不考慮貨物的原產國和應付的貨幣，進口貨必須在規定的有效期內由海關徵稅放行。
日本採取最高進口數額和最大國別數額的關稅配額辦法，將享有關稅配額的進口商品劃分為132個產品組，然後將此產品組分成三大類。第一類為非控制類。屬於這一類商品的進口採用先到先放的辦法給予減免關稅優惠，但商品進口受到監督。受惠國或地區的最大類別數額一旦用完後的第二天，其超過該限額進口的商品即徵收最惠國關稅。屬於第二類商品進口辦法類似於第一類商品，但最大國別數額用盡後，即在第二個月第一天起徵收最惠國關稅。屬於這類的商品有125組。第三類為預先配額。屬於這類商品的進口配額總數的80%，分配給予過去經營該類商品的傳統進口商，20%分配給予新的進口商。這類商品為紡織品，共計11組。
三、過境和復出口貨物報關手續
日本是進口報關手冊暫行公約的簽字國，對所有憑手冊從公約締約國運入日本的貨物辦理相應手續。外國貨物如從日本復運出口，需向海關呈交出口報單。對進口時給予免稅待遇的展覽品、專業用工具、私人汽車等，為了免納進口稅，在出口時必須向海關交驗原來的免稅進口單。暫准免稅進口用於裝配的零件，如與進口記錄查對核實無誤並保持原樣，海關准予復出口。經通產省和大藏省批准，並採取防止運入國內市場的措施，該等貨物可以免稅運往保稅區進行加工後復出口。
